Hola D_noela, para transcribir partituras puedes usar muchos programas, aca te pongo una lista de los que recuerdo o sea de los mas populares:
-Sibelius
-Finale
-NoteWorthy Composer
-
http://www.eduteka.org/ExpresionMusical.php (aca puedes encontrar los nombres de otros programas).
En realidad existen muchos mas, la cosa es que pruebes con varios y elijas el que se acomode a tu forma de transcribir o a la que te parezca que tiene las mejores opciones.
Te recomiendo que antes de transcribir te fijes si es que esa partitura ya esta en internet para que no hagas el trabajo que alguien mas ya hizo antes.
Saludos.